A Presidente teve origem no ano de 1987 como empresa de táxi aéreo. Após oito anos de operações a empresa solicitou ao DAC – Departamento de Aviação Civil, autorização para operar vôos regulares, os quais iniciaram-se em 1996.
No início, suas três aeronaves Embraer 110, ex-Nordeste, operavam nas cidades de Cascavel, Curitiba, Foz do Iguaçú, Maringá, Nova Andradina, Campo Grande, Rondonópolis, Presidente Prudente, São José do Rio Preto, Ituitaba, Brasília e Goiânia.
Em 1997 o número de passageiros subiu para 9.100 nas linhas Congonhas – Assis – Ouinhos – Presidente Prudente. Esta linha em meados de 1984 era operada pela Tam Regional também com aeronaves Embraer 110.
Em maio de 1999 a empresa suspendeu seus vôos motivado pela queda absurda de 60% para 15% de aproveitamento. Suas aeronaves passaram a ser empregadas nas linhas de correio entre Ribeirão Preto e Bauru e Ribeirão Preto – Presidente Prudente.
Em 2000 transferiu sua base para Cuiabá assumindo vôos de passageiros daquela cidade para Aripuanã, Juruena e Sinop.
Nos poucos meses que operou em 2001 transportou 1.466 passageiros tendo então suspendido suas operações.
