A VRG Transportes Aéreos surgiu em dezembro de 2006, após ter sido homologada pela Anac. Desde 2007 os dados de passageiros transportados foram agrupados aos da Gol Linhas Aéreas.
A história da VRG Transportes Aéreos começou em julho de 2006, quando o fundo de pensão americano Matlin Patterson, através da Varig Log, arrematou a velha Varig US$ 42 milhões. Em 4 de outubro daquele ano a Varig retomou suas operações para Bogotá com quatro voos diretos por semana saindo do Aeroporto de Guarulhos, em São Paulo.
Na primeira semana de dezembro de 2006, a ANAC homologou à Nova Varig e concedeu o CHETA. Com este certificado a empresa pode finalmente dar prosseguimento ao seu plano de expansão de rotas e frota, já que 14 aeronaves já estavam liberadas para operação, aguardando somente o CHETA da empresa.
A nova Varig tinha então 30 dias, a contar da data da assinatura do contrato de concessão, para operar plenamente toda a malha aérea nacional e 180 dias a internacional. Somente depois desse prazo, é que a Anac poderia redistribuir as rotas não utilizadas.
Ficou ajustado que a VarigLog faria com a Varig um contrato operacional, onde esta última se obrigaria a prestar para a primeira serviços, pelo prazo de 120 dias prorrogáveis. A VarigLog se obrigou também a apresentar contrato com prestadora de manutenção de linhas em Caracas, no prazo de 10 dias do contrato.
Em 4 de abril de 2007, através de sua subsidiária GTI S.A., a Gol Linhas Aéreas adquiriu 100% da VRG Linhas Aéreas S.A, tendo recebido aprovação da Agência Nacional de Aviação Civil (ANAC) para efetuar a transferência. No dia 9 de abril de 2007, a VRG se tornou uma subsidiária do lado da Gol Transportes Aéreos S.A. (“GTA), da Gol Linhas Aéreas Inteligentes S.A.
Em 30 de setembro de 2008 completou sua reestruturação societária, ano em que sua frota estava composta por 4 Boeing 737-300, 9 Boeing 737-700 e 10 Boeing 737-800. No ano seguinte retirou os Boeing 737-300 de operação. Em 2010 estava operando os voos internacionais para Aruba, Bogotá, Bridgetown, Caracas, Punta Cana e St. Maarten, sendo que para isso reintegrou um Boeing 767-200 e 4 Boeing 767-300. Em 2011 esta frota de 767 foi retirada de operação, assim como 1 Boeing 737-700 e 1 Boeing 737-800.
Como previmos no passado, a a GOL absorveu toda a operação da VRG, assim como a Varig fez com a Cruzeiro nos anos 90, eliminando a marca Varig do mercado e absorvendo as principais rotas da empresa, exceto as internacionais.