A Atlântico Transportes Aéreos iniciou operações com um Cessna 208 em junho de 2001, apesar de ter sido fundada em 19 de janeiro de 2001 como uma empresa de voos sistemáticos.
As primeiras cidades servidas foram Arcoverde, Arapirina, Campina Grande, Caruaru, Garanhus, Paulo Afonso e Serra Talhada.
Durante o primeiro ano transportou aproximadamente 2 mil passageiros. Em 2002 a empresa optou por operar somente com carga aérea, o que lhe proporcionaria maior rentabilidade. Com isso a empresa foi contratada pela Tam Express para distribuição de carga expressa nas cidades de Aracajú, Maceió e Salvador.
Em 2003 a ATA recebeu um Boeing 727-200 e um Boeing 737-200. A ATA Brasil é uma empresa não-regular de transporte aéreo de cargas e passageiros. Voou na alta temporada em linhas ligando São Paulo (Guarulhos) a cidades nordestinas, como Fortaleza e Natal.
Em meados de 2004, além dos charters de passageiros, iniciou os võos charters de carga, principalmente na rota Porto Alegre – Guarulhos – Salvador – Recife.
Atualmente a empresa está paralizada e não está realizando nem os vôos cargueiros noturnos. Sua manutenção era realizada nas oficinas da VEM – Varig Engenharia e Manutenção.
Dos fretamentos realizados em 2005 a empresa obteve 78,51% de aproveitamento médio de suas aeronaves tendo transportado 9.933 passageiros.
