A Webjet iniciou operações em 12 de julho de 2005 com uma aeronave Boeing 737-300. A torcida era para que a empresa conseguisse ser uma nova BRA ou uma nova Gol e deixasse o fantasma da Air Vias, Fly, Skyjet e Via Brasil distante de sua história.
A empresa, naquela época, esperava transportar 500 mil passageiros em um ano de operação, segundo seu Presidente Rogério Ottoni. Com a chegada de sua segunda aeronave, a empresa deveria operar em Curitiba, Florianópolis, Salvador e Recife.
Em dezembro de 2005 deixou de operar e retomou voos fretados no carnaval de 2006 no trecho Rio – Natal – Fortaleza, Rio – Porto Seguro e Rio – Florianópolis – Porto Alegre.
Em 15 de dezembro de 2007 reiniciou suas operações em Maceió. Passou a operar em 2008 no Aeroporto Internacional de Guarulhos com voos para Brasília, Campo Grande Cuiabá, Fortaleza, Maceió, Natal, Porto Alegre, Recife, Rio de Janeiro e Salvador.
Em 2009, com 1.200 funcionários, assumiu o comando Wagner Ferreira, ex-Tam e Vasp, que ficou até fevereiro de 2010.
A Webjet transportou 4.345.977 passageiros em 2010, com 76,4% de aproveitamento em suas linhas domésticas, com uma frota de 20 Boeing 737-300 e 07 Boeing 737-800NG.
Em 20 de setembro de 2011, a Agência Nacional de Aviação Civil (ANAC) aprovou a aquisição da Webjet Linhas Aéreas S.A. pela GOL Linhas Aéreas Inteligentes S.A., por meio de sua subsidiária VRG Linhas Aéreas S.A. Como promessas, após a compra, a Gol citou que padronizaria a frota, substituindo os 737-300 pelos 737-800NG até o final de 2013.
A Gol concluiu a compra da Webjet em outubro de 2011 por R$ 70 milhões, além de ter assumido dívidas de cerca de R$ 200 milhões. Em novembro de 2012 a empresa foi oficialmente extinta, fechando o ano com 4,79% de participação de mercado e 73,22% de aproveitamento em seus voos.
As cidades atendidas pela Webjet eram Belo Horizonte (CNF), Brasília, Curitiba, Florianópolis, Fortaleza, Foz do Iguaçu, Goiânia, Maceió, Natal, Navegantes, Porto Alegre, Porto Seguro, Recife, Ribeirão Preto, Rio de Janeiro (GIG e SDU), Salvador, São Paulo (CGH e GRU) e Uberlândia.
