A Mega Transportes Aéreos iniciou operações regulares em 2005 e chegou a atender as cidades de Alta Floresta, Aripuanã, Colíder, Canarana, Cuiabá, Huara, Juína, Novo Progresso, Santarém, São Félix do Araguaia, Sinop, Sorriso e Vila Rica com uma aeronave Cessna 208 Caravan.
Em 2008 passou a operar somente vôos de entrega de malotes e cargas, operando de segunda a sexta voos entre Manaus e Boa Vista, para os Correios.
