A Amazônia Linhas Aéreas surgiu no mês de maio de 1999 para operar sistematicamente nos Estados do Acre, Amazonas, Amapá, Mato Grosso e Pará.
Boa parte dos empregados da Amazônia vieram da Taba e a empresa contava em 1999 com uma frota de 3 Embraer 110.
A Amazônia foi homologada pelo DAC – Departamento de Aviação Civil, como empresa aérea, em julho de 2000. No entanto, enfrentou tantas dificuldades e burocracia que sequer iniciou seus vôos.
