Em 1º de setembro de 1996, através da empresa ARPA – Trans America Linea Aerea, o Comandante Rolim Adolfo Amaro adquiriu 80% das ações da LAPSA, Lineas Aereas Paraguayas SA, que estavam de posse de um grupo equatoriano.
Neste momento, o nome da empresa mudou de LAPSA para TAM Mercosur, utilizando-se o mesmo padrão de pintura das aeronaves da TAM Linhas Aéreas, do Brasil. A frota estava composta de jatos Fokker 100 e acordos foram feitos com as empresas Aerolineas Argentinas, Lan Chile e Pluna.
As rotas não rentáveis foram cortadas e serviços para cidades menores estavam sendo atendidas por aeronaves Cessna Caravan vindos da Arpa, adquirida pela TAM Mercosur no final de 2002. No Brasil, a empresa realizava conexões com os voos da TAM Linhas Aéreas, para todo o território brasileiro, a partir da cidade de São Paulo.
Em 1 de julho de 2003 passou a operar de Assunção para Curitiba e de Cidade do Leste para Buenos Aires. Em 10 de julho de 2006, a TAM Mercosur iniciou a operação de duas novas frequências internacionais diárias ligando o aeroporto do Galeão, no Rio de Janeiro, às cidades de Assunção e Buenos Aires. A TAM Mercosur passou a utilizar os Airbus A320 na operação de voos diários do Rio de Janeiro para Assunção e Buenos Aires em 22 de dezembro de 2006.
Iniciou em 29 de março de 2007 a operação de um novo voo internacional diário ligando São Paulo à cidade de Córdoba, na Argentina. A empresa recebeu também uma certificação IOSA (IATA Operational Safety Audit), o mais completo e aceito atestado internacional em segurança operacional. O certificado foi concedido em cerimônia realizada na sede da TAM Mersosul, em Assunção, no Paraguai, com a presença de executivos da empresa e da IATA. Em 2008 deixou de operar com as aeronaves Fokker 100 passando exclusivamente a operar com aeronaves Airbus.
Desde março de 2009 TAM Airlines é a nova denominação da TAM Mercosur, segundo as diretrizes de reposicionamento da marca que acompanham a expansão do Grupo TAM no mercado internacional.
No início de 2016, em função da junção do Grupo Lan e Tam, seu novo nome passou a ser Latam Airlines Paraguay.
