Empresa criada em 1999, a AeroExpress tinha foco no transporte de cargas expressas. Sua base operacional era no Aeroporto de Congonhas, em São Paulo.
Em 2000 a empresa operava com duas aeronaves Cessna Caravan em voos de São Paulo para Florianópolis e Porto Alegre.
Em 2001 passou a atender sistematicamente algumas cidades com voos de passageiros, principalmente nas regiões sul e centro-oeste. Neste ano realizou um acordo com a Tam para distribuição de cargas expressas oriundas daquela empresa.
Em 2003 a empresa operava em linhas que ligavam Guarulhos a Curitiba, Guarulhos a Vitória, Belém a Santarém e Belém a Altamira. Possuía uma frota de 5 aeronaves Cessna 208.
Em agosto de 2004, um de seus maiores contratos, com a Varig Log, foi cancelado e deixou a empresa em situação delicada, fato que meses após se concretizou com a suspensão dos voos desta empresa.
