A Allegiant foi fundada em 1997 em Fresno, Califórnia. Em 1999, a empresa iniciou o serviço de assalto programado entre Fresno e Las Vegas utilizando uma aeronave DC-9.
Em dezembro de 2000, a Allegiant declarou falência e Maurice J. Gallagher Jr., o principal credor da companhia aérea, ganhou o controle do negócio durante a reorganização. Em junho de 2001, Gallagher reestruturou a companhia aérea para um modelo de baixo custo e mudou a sede e as operações para Las Vegas, onde permanecem hoje.
A estratégia única da Allegiant permitiu que a empresa continuasse lucrativa a cada trimestre desde 2003, apesar dos desafios da indústria que incluem a flutuação dos custos de combustível e uma economia instável. Gallagher permanece CEO e presidente da Allegiant.
Em março de 2002, a Allegiant saiu exitosamente da bancarrota e celebrou um contrato de longo prazo com a Harrah’s para fornecer serviços de fretamento para seus casinos. Ao mesmo tempo, a companhia aérea adquiriu sua primeira aeronave MD-80. De 2002 a 2004, o modelo de negócio de serviço agendado foi desenvolvido e, até 2004, a Allegiant estava voando de 13 pequenas cidades para Las Vegas, oferecendo pacotes aéreos e hoteleiros.
Em agosto de 2012, a Allegiant entrou em contrato de arrendamento para alugar nove aeronaves Airbus A319 e, em dezembro de 2012, anunciou sua intenção de adquirir nove aeronaves Airbus A320. Foi o início da estratégia da Allegiant para operar uma frota exclusiva de aeronaves Airbus.
Em junho de 2017, a Allegiant anunciou um acordo de arrendamento de 13 A320s adicionais, que foi a última transação necessária para aposentar todos os MD-80 da frota até o final de 2019.
A Allegiant oferece serviço programado e sem escalas a partir de mais de 110 cidades dos EUA. Além do seu serviço agendado, a companhia também opera serviço de fretamento em todo os Estados Unidos, México, Canadá e Caribe. Os clientes charter da transportadora incluem o Departamento de Defesa, organizações atléticas, empresas de produção cinematográfica e corporações.
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