A Apuí Linhas Aéreas iniciou operações em 2008, como empresa de táxi aéreo, com três voos semanais na rota Apuí – Manaus- Manicoré – Apuí, com aeronave Embraer 110 Bandeirante. Pouco tempo depois suspendeu suas operações.
Em 27 de março de 2022 a empresa voltou a operar, agora como linha aérea, na rota Manaus – Manicoré – Prainha, com dois voos semanais.
