A Beta Cargo foi fundada em março de 1994 e iniciou suas operações em maio de 1996 através da fusão das empresas Brasair e CMI, especializada em manutenção. Começou operando na rota Guarulhos – Manaus, com um Boeing 707-321CF, ex-Brasair, e um ano após recebeu sua segunda aeronave, vinda da Aerobrasil.
Em 1998 a empresa já contava com 4 Boeing 707 na frota e voava para Manaus, Porto Velho, Cruzeiro do Sul, Belém, Fortaleza, Recife, Salvador, Guarulhos e Porto Alegre. Com a saída da VASP da Rede Postal Noturna em 2000, a Beta passou a atender os voos da RPN nas cidades de Recife – Salvador – Guarulhos e Porto Alegre com seus Boeing 707. A aeronave PP-BSE foi a aeronave com maior número de horas de voos no mundo, com mais de 107.000 horas realizadas. Esta aeronave voou na Transbrasil com o prefixo PT-TCM.
A Beta Cargo teve seu Cheta 199-10-0BAJ-02-01 suspenso pela ANAC.
