A Fly Brazil surgiu em 1994 operando um Embraer 110 e um Mitsubishi MU-2. O foco da Fly Brazil era o transporte de cargas.
No final de 1998 a empresa recebeu um Embraer 120 que ficou baseado em Campinas, para operações de carga.
Em 1999 a empresa fechou um acordo com a UPS para transporte de malotes entre Campinas e Buenos Aires, fato este que não ajudou a empresa a encerrar suas atividades naquele mesmo ano.
