No início de março de 2002 a subsidiária da Swissair, a Crossair, assumiu os voos da então maior companhia aérea da Suíça. A Swiss, nada mais é do que uma empresa surgida da fusão Swissair – Crossair. A Swissair foi fundada em 26 de março de 1931. Quando assumiu as operações da Swissair, a companhia operava diariamente na rota Zurich – São Paulo com os McDonnell Douglas MD-11, sendo que dois desses voos prosseguiam para o Rio de Janeiro e cinco para Buenos Aires. Em outubro de 2003 a Swiss suspendeu os voos para o Rio de Janeiro.
No ano seguinte a empresa foi eleita a melhor companhia aérea para as Américas do Sul e do Norte. Em 28 de março de 2004 a empresa passou a utilizar o Airbus A340-300 na rota para São Paulo, com cinco voos semanais e cancelou a extensão do voo até Buenos Aires.
Em 15 de janeiro de 2005 a empresa passou a oferecer na rota Zurich – New York um serviço exclusivo a bordo do Boeing BBJ, uma grande inovação. Em 21 março de 2005 foi divulgada a sua compra pelo conselho da Lufthansa. Em 13 de julho de 2007 a Swiss voltou a operar voos diários na rota Zurique – São Paulo – Santiago do Chile, com Airbus 340-300. Algum tempo depois o voo passou a ser exclusivo para São Paulo.
Em 2016 recebeu seus primeiros Boeing 777-300ER, que entraram na rota brasileira em 2017.
Foi eleita por clientes ao redor de todo o mundo na posição 13ª do Skytrax World Airline Awards 2019, que é “o Oscar da indústria da aviação”. São os prêmios de qualidade mais cobiçados para a indústria aérea mundial, e um referencia global de excelência aérea.
Em 2018 foram 214.784 passageiros transportados entre o Brasil – Suíça – Brasil, o que representa um acréscimo de 43,73% comparado com 2017, sendo um recorde da companhia aérea na rota, que opera sem concorrência, de Guarulhos para Zurique, desde março de 2002, quando a TAM deixou de operar a linha que iniciou em novembro de 2001 e ou quando a VASP deixou de operar a rota em maio de 2000.
Voos Operados do Brasil
