A Japan Airlines deixou de voar para o Brasil em 27 de setembro de 2010. Em seu último ano de operações no país transportou 17.996 passageiros, sendo que 77% foram para o Japão e 23% para os Estados Unidos e trouxe 18.458 passageiros, sendo que 78% vieram do Japão e 22% dos Estados Unidos. Em carga foram transportados em todas as rotas da empresa 2.503 milhões de toneladas de carga quilômetro, o que representa financeiramente a 8% da receita da empresa. A empresa faz parte da Oneworld e possui acordos com 17 empresas, entre elas a Air France, American Airlines, British Airways, Emirates, Iberia, Korean Air e Qantas.
A Japan Air Lines (JAL) iniciou voos em 1951 com serviços na cidade de Tokyo. A aeronave utilizada era um Martin 2-0-2 de dois motores. A primeira aeronave comprada foi um Douglas DC-4 e em 1953 um Douglas DC-6. Foi com esta aeronave, que em 1954, a empresa passou a fazer seu primeiro voo internacional, voando para San Francisco, nos Estados Unidos. Em outubro daquele ano a empresa começou a voar para São Paulo (Congonhas) com Douglas DC-6B, numa viagem de três dias. Em 1958 o DC-6B foi substituído pelo Douglas DC-8, que passou a operar em Campinas por Congonhas não ter pista com extensão suficiente para uma operação segura.
Os jatos chegaram em 1960 quando a empresa, com nova pintura, passou a utilizá-los nas rotas de San Francisco, Londres e Copenhagen. Em 1962 o Convair 880 foi utilizado na rota de Frankfurt.
A partir de 1970 os DC-8 passaram a ser substituídos pelos Boeing 747-100, fase esta que levou quase todos os anos da década de 70. Em outubro de 1976 a JAL voava ainda com os Douglas DC-8-62 nas rotas Tóquio – Hong Kong – Sydney e Tóquio – Anchorache – New York. Para a América do Norte a companhia já empregava os Boeing 747 nas rotas de Tóquio para Honolulu, Los Angeles, México, New York, San Francisco e Vancouver. Para a Europa os DC-8 operava nas rotas de Tóquio para Copenhagen, Frankfurt, Londres, Moscou, Paris e Roma. Os Boeing 747, sempre fazendo escala em Anchorage, serviam Amsterdã, Copenhagen, Hamburgo, Londres e Paris. Coincidindo com o início das festividades do 70º aniversário da Imigração Japonesa ao Brasil, a Japan Air Lines começou a operar, em 21 de junho de 1978, o seu vôo 021 entre o Rio de Janeiro a Tokyo. Inicialmente, os vôos foram realizados a cada duas semanas, partindo do Rio às quartas-feiras (23:55 h.) e de São Paulo (Viracopos) às quintas-feiras (02:00 h.), com escalas em San Juan, New York e Anchorage, com jatos Douglas DC-8-62.
Em 17 de setembro de 1984 a Japan Airlines substituiu o Douglas DC-8 pelos Boeing 747-200 tendo como destino o Rio de Janeiro, duas vezes por semana.
Em 1987 a JAL começou a utilizar o Boeing 767-200 e saia das mãos e controle do governo japonês. Em 1988 a JAL realizava três voos semanais para o Brasil, agora com destino final São Paulo (Guarulhos).
Nos anos 90 os McDonnell Douglas MD-11 passaram a substituir os DC-10 e em 1995 chegaram aeronaves Boeing 737-400 e 777 em 1996.
Em 2000 a Japan Airlines operava cinco frequências de São Paulo para Tokyo, sendo quatro delas via New York com o Boeing 747-400 e uma com Boeing 747-300 via Los Angeles e Nagoia. Em abril de 2002 deixou de operar a rota São Paulo – Los Angeles – Tokyo. Em 2004 reduziu para três voos semanais na rota São Paulo – New York – Tokyo – Nagoia, com Boeing 747-400.
Em 2007 passou a ser membro da Oneworld, da qual fazem parte algumas das principais companhias aéreas do mundo, como a British Airways e American Airlines.
Em 22 de fevereiro de 2007 anunciou aquisição de 10 Embraer 170 pelo preço de tabela das aeronaves, por US$ 290 milhões. Em 27 de setembro de 2010 deixou de voar para São Paulo.
Transportou 23.9 milhões de passageiros em 2012, um incremento de 1.2% no volume total, sendo que neste período aumentou a sua capacidade em 20.2%. Ao total são aproximadamente 32 mil funcionários.
