Foi fundada em 1941 no DNIC como Aero Geral Limitada, para exploração do tráfego aéreo, estudos de todos os problemas técnicos em relação com a aviação civil e comercial, manutenção de escolas e oficiais de mecânica especializada e toda atividade comercial ou indústria ligada a aeronáutica. Em 1942 a empresa possuía um Monomotor Monocoupe 90A, um avião que não tinha condições de realizar as primeiras rotas autorizadas.
Diante disso, em 1944, a empresa que sequer tinha saído do chão, estava cessando suas atividades e agonizou por dois anos. Em 1946, A.F.McLaren, ex piloto da Panair do Brasil, se associou a Custódio Netto Júnior, que em 1945 havia ingressado na Aerovias Brasil para ajudar no desenvolvimento da empresa no Brasil. Em março de 1947 eles adquiriram 4 aviões anfíbios Consolidated PBY-5 Catalina, aeronaves que eram excedentes de guerra americanos e estavam na Base Aérea de Natal. Empenhados, tiraram toda a camuflagem da US Air Force e deixaram no alumínio polido com o distintivo da Aero Geral. Em 30 de dezembro de 1946 o primeiro dos quatro Catalina, o PP-AGA, já estava com condições de voo e iniciou a rota de Natal para o Rio de Janeiro.
Em maio de 1947 foi assinado o contrato com o Governo Federal para a concessão da linha aérea Santos – Natal, com escalas no Rio de Janeiro, Vitória, Belmonte, Salvador, Aracajú, Penedo, Maceió, Recife e João Pessoa. O pessoal de terra e de voo foi aumentado rapidamente e as regras de segurança passaram a ser uma preocupação permanente de seus empregados.
Em 1947 transportou 4.572 passageiros, número que foi superado em 1948 para 7.925 e em 1949 para 10.124 passageiros.
Devido ao sucesso das rotas os empresários compraram em 1948 um 1 Curtiss C-46 e iniciaram operações em outras rotas, instalando equipamentos de rádio nas cidades de Salvador, Natal e Rio de Janeiro. Porém o C-46, PP-AGE, foi autorizado a operar somente no transporte de cargas.
Em 1951 a empresa também estava operando nas cidades de Angra dos Reis (RJ), Parati (RJ) e Própria (SE), com os PBY-5.
O voo do Rio de Janeiro para Angra dos Reis foi inaugurado em 22 de março de 1951. Este voo terminava na cidade de Santos, em São Paulo, e curiosamente foi inaugurado com a aeronave PP-AGC, que em 2 de junho de 1951 sofreu uma queda no litoral da Bahia, em voo do Recife para Salvador, o que levou a empresa a paralisar as atividades dos outros 3 aparelhos restantes.
Em maio de 1952 a Aero Geral foi vendida à VARIG que sempre desejou expandir suas linhas para o norte do país, segundo palavras do Cmte Custódio Neto. A transação foi aprovada pelo Ministério da Aeronáutica em Julho de 1953.
