Em 1947 a Aerovias Brasil mantinha um voo na cidade que operava a rota São Paulo (Congonhas) – Uberaba – Uberlândia – Araguaína – Goiânia – Anápolis – Araguari – Uberaba -Poços de Caldas – Rio de Janeiro. Não temos informação de onde era realizada esta operação, pois o Aeroporto de Araguaína, no Tocantins, foi inaugurado mesmo em 1979 e possui uma pista com 1.802 metros de extensão. Desde 2006 é administrado pela ESAERO – Serviços Aeroportuários. No ano 2000 as empresas Nordeste e Rio Sul realizavam voos com destino a Brasília que, a partir de 2001 passou a ser exclusivo da Nordeste até o ano de 2003. Em 2004 a Rio Sul estabeleceu voos com destinos a Belo Horizonte (Pampulha) e Brasília, e a Total iniciava suas operações com foco em Brasília e Parauapebas. 
Em 2005, com o fim das operações da Nordeste, a Total Linhas Aéreas assumiu as operações com exclusividade. Em 2006 chegou a realizar alguns voos com destino a Uberlândia, em Minas Gerais. Em 2007 recebeu fretamentos da BRA para Belo Horizonte (Confins), Brasília, Campinas, Cuiabá, Curitiba, Florianópolis, Goiânia, Palmas, Porto Alegre, Rio de Janeiro (Galeão), São Paulo (Congonhas e Guarulhos), além de voos da Sete. 
Em 2008 uma nova mudança! A saída da Total abriu concorrência entre as empresas OceanAir e TRIP, na rota de Brasília, e operações exclusivas da TRIP para Parauapebas, Tucuruí, Uberaba e Uberlândia, e da OceanAir para Palmas. Em 2009 a OceanAir deixou de operar no aeroporto e mais uma vez uma única empresa realizava os voos no terminal, a TRIP. Em 2010 a Sete volta a operar com voos para Altamira, Belém, Goiânia, Marabá e Palmas. A novidade de 2011 foi o ingresso da Passaredo no aeroporto, com voos para Goiânia. No ano seguinte a Passaredo começa a servir também Brasília, concorrendo com a TRIP e a Sete. 
O ano de 2013 marcou o início das operações da Azul Linhas Aéreas no aeroporto com voos para Brasília e Palmas. Com a integração da TRIP pela Azul em 2014, a companhia já despontava como a principal aérea operando em Araguaína e assim foi até o final de 2015. 
Em 2016 somente a Passaredo manteve voos no aeroporto, servindo destinos como Brasília, Goiânia, Palmas, Ribeirão Preto e São Paulo (Guarulhos). Em 2017 deixou de operar para Brasília e foi a primeira vez desde o ano 2000 que Araguaína não tinha mais voos diretos para a capital federal. Até 30 de junho de 2018 não houveram mais alterações em destinos e empresas que operam no aeródromo.
O Aeroporto de Araguaína (TO), um dos principais terminais da região norte do Tocantins, integra a primeira fase do Programa AmpliAR, iniciativa do Ministério de Portos e Aeroportos (MPor), em 2025, voltada à modernização e ampliação da infraestrutura de aeroportos regionais em todo o país. O programa tem como objetivo reduzir desigualdades de acesso ao transporte aéreo e fortalecer a conectividade regional, com foco especial nas regiões da Amazônia Legal e do Nordeste.
Atualmente em fase de estruturação e estudos técnicos, o AmpliAR prevê investimentos públicos e privados estimados em R$ 5 bilhões, com a meta de modernizar até 100 aeroportos em diferentes estados. As ações incluem obras de infraestrutura e adequações técnicas voltadas à melhoria de pistas, pátios e terminais de passageiros, além da atualização de sistemas e equipamentos de apoio à navegação aérea. O programa é desenvolvido em parceria com a Infraero, governos estaduais e o setor privado.
A reativação recente das operações comerciais em Araguaína reforça o potencial estratégico do terminal e o papel do programa na consolidação da aviação regional. O aeroporto retomou voos regulares em 23 de outubro de 2025, com o início da rota da Gol Linhas Aéreas entre Palmas e Araguaína, operação que conta com três frequências semanais e amplia a integração do norte do Tocantins à malha aérea nacional.
O gerente do Aeroporto de Palmas, Silvio Nogueira, destacou que a nova rota representa um marco para a aviação regional e contribui para o fortalecimento da economia estadual. De acordo com ele, a ligação entre as duas cidades facilita o deslocamento de passageiros e favorece o ambiente de negócios.
