No ano 2000 o aeroporto de Aripuana possuía ligações aéreas com as cidades de Cuiabá, Juara e Juína. A Penta operava para Cuiabá e Juína e a Presidente para Cuiabá e Juara. Em 2001 as operações da Presidente se mantiveram até março daquele ano, ficando a Penta como operadora exclusiva nas rotas de Cuiabá e Juína. Em 2002 a companhia iniciou voos para Juruena mas encerrou operações em todo o aeroporto em setembro daquele ano.
Em 2005 a Cruiser e a Mega reativaram as operações para as cidades já citadas, com a Cruiser voando para Cuiabá, Juara, Juína e Juruena e a Mega para Cuiabá e Juína. Em 2006 a Cruiser operou para Cotriguaçu e Juína e deixou de operar nas outras localidades, porém, em agosto daquele ano deixou de operar no aeroporto.
Em fevereiro de 2009 a companhia tentou mais uma vez retomar os voos, com Cuiabá, Juara e Juína como destinos, desafio que durou até fevereiro de 2010. Voltou a ter voos regulares em 2020.
